预防灾害是确保长期安全的核心策略，通过合理布局和居民分配能显著降低风险。将电梯与房间交替排列的设计可以阻止火灾或虫害蔓延，同时每个房间配备至少一位居民能在灾害发生时立即响应，避免事件扩散到其他层级。控制人口数量也是关键，例如死爪等高级灾害通常在人口超过50人时出现，因此适度管理居民增长能减少这类威胁。保持房间内常驻居民，包括使用巧手先生等机器人，可以及时处理突发事件，防止小问题升级为大规模灾难。
资源充足是预防灾害的基础，确保电力、食物和水的稳定供应能避免短缺引发的连锁问题，例如电力不足会导致房间停摆，增加灾难发生概率。通过派居民去废土探险获取额外物资，并改进生产技术提高效率，可以维持库存水平，离线时也能积累资源以应对突发需求。人口控制同样重要，在幸存模式中将人口保持在35以下能避免死爪和辐射蝎子等高风险灾害，而逐步提升人口时需同步加强防御，防止资源压力过大导致内部混乱。
提升居民能力是防灾的重要环节，优先训练耐力属性可以增加生命值，使居民在灾害中更易存活，同时搭配增加耐力的装备能进一步强化生存能力。给所有居民配备攻击力较高的武器，例如每个房间都有手持4攻以上武器的居民，能快速应对蟑螂入侵或匪徒攻击，减少人员伤亡。训练幸运属性还能提高资源生产中的瓶盖收益，间接支持防灾准备，而集中训练同楼层居民便于调动，增强整体响应效率。
避难所的建筑布局直接影响灾害预防效果，采用分散式设计，将关键设施如医院和训练房隔层放置，能防止灾难同时波及多个区域。避免过早升级房间，因为高级房间的灾害强度更高，保持房间在低级状态可以减少破坏力，同时优先建造三联结构以提高生产效率但需注意隔离风险。在布局中预留安全通道和紧急出口，并确保防御设施如大门后的工厂配备高攻击武器，能有效阻挡外来入侵者进入深层区域。
日常维护是预防灾害的持续手段，定期检查电线和设备状态，配备灭火器并保持其有效性，能及时发现并消除火灾隐患。保持环境清洁和食物密封存储可以减少虫害滋生，同时提升居民幸福度通过改善居住条件和丰富文化活动，使居民更积极参与防灾工作。使用极速模式加速生产时，控制风险率在较低水平以避免引发灾难，并通过定期巡检确保所有设施正常运行，从而维持避难所的整体稳定性。
